Cekli memperoleh gelar Sarjana Hukum (SH.) Dari Fakultas Hukum Universitas Muhammadiyah Malang (1998). Ia menerima beasiswa penuh dari International Fellowship Program - Ford Foundation (2015-2016) untuk Mater of Laws (LL.M.) of International and European Protection of Human Rights di Utrecht University di Belanda pada tahun 2006. Pada tahun 2017, Cekli Pratiwi diundang oleh ICLRS - Universitas Brigham Young (AS) sebagai rekan tamu dan Strasbourg Consortium on Freedom of Conscience and Religion di European Court of Human Rights. Pada tahun 2019, Cekli memperoleh gelar Master of Comparative Laws dari J. Reuben Clark Law School, Universitas Brigham Young, Utah. Sekarang, dia sedang menyelesaikan program PhD tentang Hak Asasi Manusia dan Perdamaian di Institut Hak Asasi Manusia dan Perdamaian di Universitas Mahidol. Ia adalah salah satu orang Indonesia yang menjadi International Academic Advisory Board in Religion and the Rule of Law di Oxford. Keahliannya adalah Hukum dan Mekanisme Hak Asasi Manusia, Perlindungan Hak Asasi Manusia Eropa, Hukum Publik Internasional, Tuntutan Hukum Perdata, Prinsip Tata Pemerintahan yang Baik, Studi Hak Asasi Manusia dan Perdamaian, Perbandingan Hukum Konstitusional, Pengantar Hukum Amerika, Penelitian Sosial Hukum. Ia ditunjuk sebagai kepala peneliti proyek penelitian Restatement of the General Principles of Proper Administration (GPPA) di Indonesia tahun 2016-2017. Penjelasan-Prinsip-HukumUmum-Tata-Pemerintahan-Hukum-Administrasi-Negara.pdf. Pada tahun 2017-2018, ia melakukan penelitian tentang Penelitian Sosial Hukum Prinsip Umum Administrasi yang Layak (GPPA) di Indonesia. Kedua proyek tersebut dikerjakan atas kerja sama antara Program Dukungan Sektor Yudisial (JSSP), Pusat Kerja Sama Hukum Internasional (CILC), Lembaga Penelitian dan Advokasi Kemandirian Peradilan (LeIP). Mahkamah Agung Republik Indonesia (MARI), Pusat Penelitian dan Pengembangan (Puslitbang) Mahkamah Agung, dan Van Vollenhoven Institute (VVI), Universitas Leiden. Penelitian ini didanai oleh Ducth Royal Embassy. Saat ini, ia sedang melakukan beberapa proyek penelitian dengan International Partner, seperti penelitian Root Cause of Hate Speech di Malaysia (2019-2020) bekerja sama dengan ARTICLE19 di London, yang didanai oleh Menteri Luar Negeri, Belanda. Kedua, penelitian Freedom of Religion in Indonesia Using UPR Approach, Project yang didanai oleh ASEAN Parliaments of Human Rights (APHR) bekerjasama dengan APHR, IPPFoRB, IPHR Universitas Mahidol (2019-2020).